新世紀

進入21世紀的米蘭，在歐洲冠軍聯賽和意甲聯賽當中一直保持著高水準。2000-01賽季對陣國際米蘭，米蘭曾以6比0的比分痛擊對手，但這還不是米蘭德比的最大比分勝利——米蘭在建隊早期曾以8：1的大比分戰勝國米。除了獲得了2003-2004賽季的聯賽冠軍之外，尤為顯赫的是歐冠成績。真正代表米蘭乃至意大利的米蘭在2002-2003、2006-2007賽季獲得兩次歐洲冠軍聯賽冠軍，2004-2005賽季獲得歐冠聯賽亞軍，更是在2002-2003至2006-2007賽季創下了連續5季進入8強，連續四年進入4強，三年兩進決賽，五年4進四強3進決賽2次捧杯的光輝戰績。
2002年夏天，球隊又連續引進里瓦爾多、托馬森等球員，而天才中後衛內斯塔的加盟更是讓球隊和球迷備受鼓舞。新賽季開始後，AC米蘭展現了良好的狀態，前鋒因紮吉是連續進球，在歐洲賽場更是雙殺拜仁慕尼黑。安切洛蒂將前國際米蘭球員皮爾洛改造成後腰，是取得了令人驚喜的效果，當時AC米蘭擁有魯伊·科斯塔、里瓦爾多、西多夫、皮爾洛4個10號球員，安切洛蒂為此打造了聖誕樹陣型（4321）。但當球隊頭號球星舍甫琴科復出後，俱樂部主席貝盧斯科尼要求必須派上雙前鋒，主席幹涉主教練工作也成為AC米蘭安切洛蒂時期的一個特色。進入2003年，AC米蘭將重心放在了歐洲賽場，雖然國內聯賽落在尤文圖斯和國際米蘭之後，但在歐洲冠軍杯，球隊接連擊敗了兩個對手奪取了冠軍。
2003年夏天，巴西天才卡卡以850萬歐元從聖保羅俱樂部來到米蘭，卡卡的表現出乎大多數人的意料，他很快將里瓦爾多擠到了替補席上並成為了球隊的絕對主力。在這個賽季，羅馬隊的表現非常出色，AC米蘭一直落在後面，在豐田杯上也敗輸給了博卡青年。不過進入2004年後，球隊兵多將廣的優勢開始體現，最終擊敗羅馬如願奪取了聯賽冠軍。在歐洲冠軍聯賽，球隊也一路高歌猛進，四分之一決賽首回合更是4：1橫掃拉科魯尼亞，但在次回合卻0：4慘敗而令人驚訝地被淘汰出局。2004-05賽季，AC米蘭在原有的基礎上又引入了克雷斯波、斯塔姆等優秀球員，球隊也在意甲聯賽和歐洲冠軍聯賽上連戰連捷。但球隊過於依賴核心球員的問題在賽季下半段開始暴露，意甲聯賽主場0：1輸給尤文圖斯而失去奪冠希望，而在歐洲冠軍聯賽決賽中，球隊更是在3：0領先的大好局勢下被利物浦神奇逆轉。誌在雙冠的AC米蘭最終只收獲了兩個亞軍，媒體和球迷也開始質疑安切洛蒂用人保守。
2005-06賽季末意甲爆發了假球醜聞，先是尤文圖斯涉嫌操控比賽結果。而後AC米蘭也被牽涉其中，副主席加利亞尼和梅亞尼被指違反了第1條（不公平競爭）和第6條（體育欺詐），經過意大利羅馬體育法庭的審判，俱樂部保留了下賽季的意甲和參加冠軍聯賽資格，但新賽季扣除8分，2005-06賽季扣除30分，剝奪一個主場資格，罰款10萬歐元。副主席加利亞尼9個月不得參與足球相關事務，俱樂部官員梅亞尼2年半內不得參與足球相關事務。盡管受到該事件的嚴重影響，AC米蘭還是在極不被看好的情況下在2006-07賽季的歐洲冠軍聯賽中一路過關斬將，勇奪俱樂部歷史上的第七座歐冠獎杯。2006-2007賽季，在俱樂部主席貝魯斯科尼領導下，在俱樂部副主席加利亞尼的"勤儉"持隊下，球隊已經由於人員結構老化，且嚴重缺乏有力後備軍（這種局面一直持續至今），在各大戰線上只有固定11人，一度無法支撐下去。但就是這11人，在當季的歐洲冠軍聯賽上，從1/4決賽第二回合開始，打出了當年最為壯麗的4場比賽（2：0 拜仁，2：3 - 3：0 曼聯，2：1利物浦），勇奪歐洲冠軍，並在8月與歐洲聯盟杯冠軍塞維利亞的比賽中3：1取勝，獲得歐洲超級杯，在年底日本舉行的世俱杯決賽中4：2擊敗了南美冠軍博卡青年，榮登世界巔峰。這些榮光，成就了米蘭英雄史詩的一年，也成就了老隊長馬爾蒂尼最後的功成身退，也成就了卡卡的世界足球先生和歐洲金球獎。米蘭，所代表的意大利足球，再次在危機中向全歐洲乃至全世界宣告：永遠不要低估了意大利足球的悠久歷史和光榮傳統，任何輕蔑的態度都會遭受最有力的回擊。
2010-2011賽季，米蘭引進伊布拉希莫維奇，羅比尼奧，博阿滕等球員，正在等待新的王朝。
2011年初，米蘭的更替仍在繼續，小羅回到了巴西，而球隊也迎來了被貝魯斯科尼稱為"意大利最佳天才"的卡薩諾。還引進了埃馬努埃爾松森，範博梅爾，迪達克。2010-2011賽季上半程憑借伊布的精彩表演，米蘭也遙遙領先於其他對手，並在賽季末奪得了該賽季的意甲冠軍，這也是球隊第18座意甲冠軍。
2011年夏季，效力十年的功勛傳奇皮爾洛離開了米蘭，轉會加盟尤文圖斯，2006-2007賽季幫助米蘭奪得歐冠冠軍的老將揚庫洛夫斯基也離開了米蘭。塔伊沃，梅克斯，斯蒂芬·艾爾·沙拉維等新星的加盟，加上內斯塔，西多夫等老將的續約與輔佐，相信新賽季米蘭必將實力大增。對於擁有歐冠DNA的米蘭來說。無疑增加了球隊在歐冠賽場的競爭力。米蘭王朝的復辟將指日可待。2011年8月6日，中國北京國家體育場"鳥巢"，意大利超級杯決賽在這里舉行，由意甲冠軍AC米蘭對陣意大利杯冠軍國際米蘭，最終米蘭在下半場由伊布和博阿滕各進一球，2比1戰勝國際米蘭（上半場國際米蘭由斯內德打進一任意球），贏得了第六座意大利超級杯的冠軍。2011-2012賽季，米蘭在轉會市場上沒有什麽大的手筆轉會，等待了一個夏天的X先生沒有到來，但在轉會市場關閉時候來了意大利國腳阿奎拉尼和諾切里諾。也算加強了中場，而在歐洲冠軍聯賽的抽簽儀式上，作為7冠霸主的AC米蘭被分在了第二檔的隊伍里，沒能進入種子隊，也就是說，米蘭可能將會進入死亡之組。就近幾年而言，巴塞羅那是被公認的世界第一強隊，而且還是歐冠衛冕冠軍，在擊敗了眾多的豪門後，終於在與米蘭分在了H小組。這會讓許多的巴薩和米蘭球迷聯想到了1994年的歐冠決賽，有夢之隊之稱的巴薩被米蘭4:0擊敗，如今,被稱作"宇宙隊"的巴薩再次遇到了米蘭。而所有人都一直認為巴薩取勝將毫無懸念時，米蘭卻在開場不到一分鐘的時間里（24秒）由前鋒帕托和下半場傷停補時階段由西多夫開角球，中後衛蒂亞戈席爾瓦頭球破門，巴薩由前鋒佩德羅和比利亞進球，米蘭在諾坎普戰平巴薩，贏得了客場的勝利。而在11月24日將到米蘭的聖西羅球場進行小組賽次回合的比賽。
2013-2014賽季米蘭戰績不佳，主帥阿萊格里賽季中途下課，前米蘭功勛球員西多夫接手米蘭教鞭，但西多夫並沒能讓米蘭的戰績得到改觀，意大利杯和歐冠接連被淘汰，聯賽中距離歐戰區漸行漸遠。2013年12月23日，米蘭城風靡一時的洗剪吹組合解散，年輕的法國前鋒尼昂接受了蒙彼利埃隊的體檢，於2014年1月3日踏上法甲賽場。尼昂在球場上與巴神、沙拉維共同組成了"洗剪吹組合"，而2014年蒙彼利埃以50萬歐元的價格租借尼昂，並在合同中設有1000萬歐元的買斷條款。2014年1月13日，AC米蘭官方宣布執教球隊3年多的主帥阿萊格里離任，球隊的訓練和比賽任務由助理教練里喬暫時接管。阿萊格里自2010年6月開始接手米蘭，在帶隊的第一年他就為球隊捧回了時隔7年的第一座意甲聯賽獎杯。3月10日，米蘭足球俱樂部官方公布歐冠1/8決賽對陣馬德里競技次回合的大名單，隊長蒙托利沃停賽，卡卡和巴洛特利領銜，缺席9日聯賽的兩位傷員博內拉和波利也回歸名單。3月12日淩晨3時45分，歐冠1/8決賽第二回合一場激戰，馬德里競技坐鎮主場4-1擊敗AC米蘭，兩回合總比分5-1將米蘭淘汰出局。叠戈-科斯塔梅開二度、阿爾達-圖蘭、勞爾-加西亞破門，卡卡打入一球。歐冠十六強出局後，球隊狀態處於差劣，在聯賽上也遭到連敗，在下季歐冠參賽資格權基本上已確定無緣。雖然球隊已喪失下季歐冠參賽資格，但球隊仍沒有放棄歐羅巴參賽資格，在聯賽上也取得五連勝，但在其他賽事上仍把握不住勝利的機會，最後球隊也失去下季歐霸參賽資格，十六年來首次無緣歐戰。失去下季歐洲賽參賽資格，在6月9日，俱樂部宣布解雇西多夫，由青年隊的因紮吉上任主教練。
2016年意大利超級杯，AC米蘭在多哈賈西姆本哈馬德球場在120分鐘之內以1比1戰平尤文圖斯，點球決戰以4比3的比分取勝，最終以5-4的總比分戰勝尤文奪得隊史第七座意大利超級杯，這亦是五年來球隊首座冠軍獎杯。
2017-18賽季，聯賽14輪過後AC米蘭僅以20分位列意甲第七，落後榜首那不勒斯18分。糟糕的戰績導致蒙泰拉下課，由功勛球員加圖索接任球隊主帥。在加圖索的執教下，球隊在賽季末排名聯賽第六，挺進歐聯杯正賽。
2018年8月3日，米蘭足球俱樂部在官方網站宣布，簽下尤文圖斯前鋒伊瓜因和中衛卡爾達拉。
2019年冬季轉會窗口，AC米蘭豪擲7000萬歐簽入皮翁泰克、帕克塔。
但球隊仍在賽季末排名聯賽第五，未能獲得歐冠資格，主教練加圖索也在賽季結束後離開球隊。
2019-20賽季初，馬爾科·詹保洛出任主教練。但上任後7戰4敗的戰績使他成為俱樂部歷史上在任時間最短的主教練。2019年10月，斯泰法諾·皮奧利接任其出任主教練。 盡管AC米蘭在12月以0-5的比分不敵亞特蘭大，創下隊史21年來最慘痛失利 ，但AC米蘭在意甲復賽後的12輪比賽中9勝3平，保持不敗並狂攬30分，成為意甲同期搶分最多的球隊。連續12輪不敗也是AC米蘭自1991-92賽季以不敗戰績奪冠之後，近28年來在意甲聯賽中單賽季取得的最長不敗紀錄。憑借復賽後這12輪的發揮，原本在聯賽上半程排名中遊的AC米蘭最終積66分，沖到了積分榜第6位，獲得了參加下賽季歐戰的油價機會。
2020-21賽季初，AC米蘭開局各項賽事8連勝 ，跨賽季連續24場比賽保持不敗。這是球隊24年來的最長不敗戰績 。在意甲聯賽中，球隊開局10輪8勝2平，跨賽季27輪聯賽保持不敗。意甲19輪戰罷，球隊在19場比賽中拿到43分，繼續領跑意甲，奪得半程冠軍 。